神戸水上警察署（こうべすいじょうけいさつしょ）は、兵庫県警察が管轄する警察署。港湾都市の埠頭や水上を管轄する水上警察署の一つ。中央区の内、フラワーロードより東を葺合署、西を生田署、ポートアイランド及び一部の海沿いを水上署が管轄している。中央区の人口は約13万である。